PipeSet je hlavná konfiguračná aplikácia PipeManu. Konfiguruje všetky časti systému, počnúc základnými entitami, t. j. bodmi, sekciami a lokalitami.
Používa sa na konfiguráciu všetkých metód vrátane detekcie únikov, sledovania balíkov/dávok/ježkov, Custody Transfer a výpočtov prietokov.
Obsahuje predvolené kalkulačky, napr. PyCalculator a MathCalculator, ktoré je možné jednoducho upraviť pomocou skriptovacieho jazyka. Aplikáciu je možné rozšíriť o ďalšie pluginy pre nové kalkulačky, nové metódy alebo iné nástroje. PipeSet umožňuje aj zmenu parametrov už nakonfigurovaného systému. Táto užitočná funkcia je vhodná aj na monitorovanie živých dát v systéme.